北京市昌平区中医院始建于1984年的昌平县中医门诊部，于1992年12月26日正式建院。建院十年来，医院靠科学管理治院，以改革统揽全局，以不断创新求发展，确定了“以病人为中心，以质量为核心，以特色为优势”的办院方针，以“优质、高效、低消耗”为总体目标，走科技兴院之路。全院干部职工同心同德，积极进取，锐意改革，使医院的医、教、研、防各项工作均得到了全面发展和提高。1995年6月被联合国基金会、世界卫生组织、国家卫生部命名为“爱婴医院”；同年10月，被国家中医药管理局评为“二级甲等中医医院”。昌平区中医院现已成为昌平地区集中医医疗、教学、科研、防保、康复为一体的综合性中医医院。

北京市昌平区中医院占地面积30.5亩，建筑面积21971平方米，资产总计8100万元，其中医疗设备5300余万元。现有职工579人，其中卫生技术人员占全院职工总数的82%，高级职称40人，中级职称127人，初级职称339人。年门诊量30.7万人次，开设病床263张，年住院人次8000余人次，平均床位使用率为89%。医院设有内、外、妇、儿等22个临床科室，国家级重点专科1个，院重点专科2个，4个医技科室，10个病区，8个社区卫生服务站，1个急救中心，2个分院。医院在取得“爱婴医院”和“二级甲等中医医院”称号后，加大管理改革力度，全面专业以内涵建设为中心，推出“六新”管理改革机制：即培养引进高新技术专业人士、开展新技术、扩大新病源、推出新机制、增加新设备、实行全新优质服务。近年来，医院坚持科技兴医、科教兴院的战略，获得区、局科技进步奖7项。近年来在国家级和省市级刊物上发表学术论文141篇，其家级56篇，省市级85篇。医院先后引进了日立医疗AIRIS-mate永磁型核磁共振、西门子Sequoia-512Signature型高档彩色多普勒超声诊断仪、aloka公司生产的ssd/alpha10新型彩超、日立医疗SF-VA200大型C臂血管造影装置（DSA）、日立医疗DHF-105CX-9小C臂、HITACHIRADIX-PRONTO（XE）产螺旋CT、GEPace全身CT机、OLYMPUS大型全自动生化分析仪（AU400）、放免仪、R-50X光机、麻醉机、奥林巴斯V70电子胃镜、蛇牌腹腔镜、关节镜、膀胱镜、宫腔镜及重症监护设备等大型医疗设备，使医院诊断治疗水平得到了长足发展。